當環境遭到破壞時，可以利用生物技術保護環境免受二次破壞。生物學具有很強的專一性，可以消除特殊的污染源。例如，一艘運輸原油的遊輪因事故造成重油污染海域。採用特殊的重油分解微生物菌種，將重油分解並代謝為環境可接受的短鏈脂肪酸，消除污染。此外，如果土壤受到重金屬污染，也可以利用特定的植物來吸收污染源。