主要分為藥用多肽藥物、多肽抗生素、疫苗、農用抗菌肽、飼料多肽、日化化妝品、食品用大豆肽、玉米肽、酵母肽、海參肽。

從功能上看，可分為降壓肽、抗氧化肽、降膽固醇肽、阿片類活性肽、高F值寡肽、食用風味肽等。

活性肽，與營養、激素、抑制酶、調節免疫、抗菌、抗病毒、抗氧化等有著非常密切的關係。肽類一般分為：肽類藥物和肽類保健品。傳統的肽類藥物主要是肽類激素。多肽藥物的開發在疾病預防控制的各個領域得到了發展，尤其是以下幾個領域。

抗腫瘤多肽

腫瘤的發生是多種因素共同作用的結果，但歸根結底涉及癌基因表達的調控。 2013年發現了許多與腫瘤相關的基因和調控因子，篩選與這些基因和調控因子特異性結合的多肽成為抗癌藥物研究的新熱點。例如，生長抑素已被用於治療消化系統的內分泌腫瘤；美國研究人員發現一種六肽可顯著抑制體內腺癌；瑞士科學家發現了一種可誘導腫瘤細胞凋亡的八肽。

抗病毒多肽

通過與宿主細胞上的特定受體結合，病毒吸附細胞並依靠自身特定的蛋白酶進行蛋白質加工和核酸複製。因此，可以從肽庫中篩選出與宿主細胞受體或病毒蛋白酶等活性位點結合的肽，用於抗病毒治療。 2013年，加拿大、意大利等國家從肽庫中篩選出多種具有抗病能力的小肽，部分已進入臨床試驗階段。 2004年6月，中國科學院微生物研究所通報，中國科學院微生物研究所承擔的知識創新項目重要方向“SARS-CoV細胞融合機制及融合抑製劑研究”，由中國科學院微生物研究所和武漢大學生命科學現代病毒學研究中心共同承擔的項目取得了重大進展。實驗證明，設計的HR2肽能有效抑制SARS病毒對培養細胞的感染，有效抑制濃度在幾納摩爾濃度。合成表達的HR1肽的病毒感染抑制實驗以及HR1和HR2的體外結合實驗也取得了重要進展。為防止 SARS 病毒融合而開發的多肽藥物可以防止病毒感染，並且在感染患者的情況下，可以防止病毒在體內進一步傳播。該多肽藥物兼有預防和治療作用。第四軍醫大學細胞工程研究中心的研究人員合成了九種能有效預防和抑制SARS病毒侵入細胞的多肽。

細胞因子模擬肽

利用已知細胞因子的受體從肽庫中篩選細胞因子模擬物成為2011年的研究熱點。國外人篩選促紅細胞生成素、人促進血小板激素、生長激素、神經生長因子以及白細胞介素等多種生長因子—— 1 模擬肽，模擬的肽氨基酸序列與其對應的細胞因子不同，氨基酸序列不同但具有細胞因子的活性，且具有體積小的優點分子量。 2013 年，這些細胞因子模擬肽正在進行臨床前或臨床研究。

抗菌活性肽

當昆蟲受到外界環境的刺激時，會產生大量具有抗菌活性的陽離子肽。 2013年篩選出100多種抗菌肽。體外和體內實驗證實，許多抗菌肽不僅具有很強的抗菌和殺菌能力，而且可以殺死腫瘤細胞。

多肽疫苗

多肽疫苗和核酸疫苗是2013年疫苗研究領域最重要的方面之一。2013年國際上開展了大量的病毒多肽疫苗的研發工作。例如1999年NIH發表了兩種HIV-I病毒肽疫苗人體臨床試驗結果；從丙型肝炎病毒（HCV）的外膜蛋白E2中篩選出一種多肽，可以刺激機體產生保護性抗體。美國正在研發瘧疾多價抗原多肽疫苗；宮頸癌人乳頭瘤病毒多肽疫苗已進入二期臨床試驗。我國在多種多肽疫苗的研究方面也做了大量工作。

診斷用肽

多肽在診斷試劑中的主要用途是作為抗原、抗體檢測相應的病原生物。多肽抗原比天然微生物或寄生蟲蛋白抗原更具特異性，並且更容易製備。 2013年多肽抗原組裝抗體檢測試劑有：A、B、C、G肝病病毒、HIV、人鉅細胞病毒、單純皰疹病毒、風疹病毒、梅毒螺旋體、囊尾蚴、錐蟲、萊姆病、類風濕檢測試劑。所用的肽抗原大部分是從相應病原體的天然蛋白中獲得的，也有一些是從肽庫中獲得的全新肽。